前身为吴中出口加工区，出口加工区于2005年6月经国务院批准设立，规划总面积3平方公里。2007年8月首期1.38平方公里正式封关运作，2009年7月拓展保税物流及研发、检测、维修功能，同年海关、国检全面进驻办公。2015年1月，国务院批准同意吴中出口加工区整合优化为吴中综合保税区。吴中综合保税区综合经济实力稳步提升，累计实现工业总产值173亿元人民币，年均增幅16%；累计实现进出口总额169亿美元，年均增幅2.6%，占开发区进出口总额的44%，占吴中进出口总额的33%，为全区外贸发展起到了积极作用。