南京综合保税区，于2012年9月17日获得国务院批准设立，位于南京经济技术开发区东区，紧临南京龙潭深水港，规划面积3.83平方公里。南京综合保税区一期封关面积为1.15平方公里，于2013年10月29日通过国家十部委的联合验收，已建成办公大楼口岸作业区近9万平方米（其中验货平台约2000平方米、监管仓库约3200平方米、现场查验用房约2700平方米）和4万平方米保税仓库，区域基础设施已实现“七通一平”。