常熟出口加工区于2005年6月经国务院批准设立，规划面积0.94平方公里，实际围网面积0.88平方公里。2010年1月经国务院批准调整规划范围，分设A区、B区。其中，A区位于常熟经济技术开发区，面积0.53平方公里，于2007年1月正式封关运作；B区位于常熟高新技术产业开发区，面积0.35平方公里，于2011年6月正式封关运作。常熟综合保税区的规划面积和四至范围与原出口加工区一致，封关验收后不再保留原出口加工区。综合保税区的功能和有关税收、外汇政策按照《国务院关于设立洋山保税港区的批复》的有关规定执行。
常熟综合保税区的获批有利于承接上海自贸区监管创新制度复制推广。2014年8月，海关总署明确上海自贸区海关监管创新制度首先在长江经济带的特殊监管区域复制推广。与2014年9月启动的长江经济带海关区域通关一体化改革相互呼应，本市出口加工区转型综合保税区，有利于整合优化内涵，激发发展活力，最大限度释放改革红利。常熟出口加工区转型综合保税区后，将进一步促进本市融入国家依托黄金水道打造长江经济带战略。
常熟综合保税区特别是A区与常熟港紧邻，是常熟港区的有机组成部分，有利于充分发挥区港联动优势，有效整合口岸作业、保税物流、保税加工和国际贸易等功能，发挥对周边区域的辐射带动作用。随着本市汽车及零部件、装备制造等先进制造业和仓储物流等现代服务业的发展，对综合保税业务的需求日益迫切。常熟出口加工区的获批将有利于推动本市产业转型升级，促进海关特殊监管区功能提升，推动保税业务向高技术含量、高附加值和多元化发展，更好地为产业转型升级提供保障。